ご本尊は？
現在、本堂に安置されているご本尊は、薬師如来。
天正１７年（１５８９年）に、河内国八上郡小和伊郷遊玉坊、同国観心寺西蔵院仏師、
及び江州神照寺無量寿院貞純房が立願して製作したもので、縦１尺４寸（約４２．４ｃｍ）
横１尺１寸５分（約３３．３ｃｍ）の優しいお姿である。

祥雲寺にある名墓
当寺は、中興の開基・戸田丹波守歴代の菩提寺であるため、信州松本藩の墓が多く、
丹波亀山藩、尾州犬山藩、水戸藩などの墓も少なくない。
現存している名墓としては、戸田家歴代の墓をはじめ、大澤基胤（遠州堀江城主）、
木寺宮定姫（基胤の妻）、野々山庸義、友成貞吉、近藤友周（以上松本藩家老）、
太田資同朝比奈弥太郎（水戸藩士）、三浦樽明（酒徳院殿酔翁樽枕居士）、
山田和水（首斬浅右衛門）、また最近では、石ノ森章太郎（漫画家）の墓がある。